Inovasi - inovasi tersebut diantaranya adalah pengembangan Puskesmas Pasir Panjang sebagai  Puskesmas Ramah Anak yang mendukung Program Kota Layak Anak di Kota Kupang. Sementara Puskesmas Bakunase sedang dalam proses untuk menuju Puskesmas Ramah Remaja , di Puskesmas Alak muncul inovasi untuk menyediakan Klinik Khusus Laki – Laki sehingga puskesmas ini lebih responsif gender, akses lansia juga dipermudah dalam pelayanan di Puskesmas Alak dimana mereka tidak harus antri di loket tapi bisa langsung dilayani di ruangan khusus bagi lansia.
 
Ada beberapa dukungan kebijakan dari Pemerintah Kota untuk pelaksanaan program ini , diantaranya adalah sebagai berikut :
  • Adanya RPJMD Kota Kupang 2013 – 2017 yang  berperspektif Gender & Perlindungan Anak 
  • Juknis BOK 2013 memasukan kegiatan Reformasi Puskesmas sebagai paket kegiatan
  • Komitmen Pemkot untuk mendorong dimulainya proses reformasi puskesmas di  Sepuluh Puskesmas di Kota Kupang pada tahun 2014.
  • Rencana Pendekatan Pelayanan Kesehatan Kepada Masyarakat Melalui Call Center
Di Kota Kupang Program Reformasi Puskesmas didukung oleh AIPMNH sejak tahun 2011  dimulai di Puskesmas Bakunase. Pada tahun 2012 program serupa dimulai juga di Puskesmas Pasir Panjang dilanjutkan di Puskesmas Sikumana.  Pada awal tahun 2013 Puskesmas Alak berinisiatif memulai Program ini setelah melihat hasil reformasi puskesmas  yang lain dengan memanfaatkan dana BOK sesuai dengan Juknis yang dikeluarkan oleh Dinas Kesehatan.
 
Puskesmas reformasi merupakan kegiatan penyelenggaraan pelayanan kesehatan dasar di Puskesmas yang berorientasi pada kualitas pelayanan dan kepuasan pengguna layanan dengan melibatkan para pihak dalam proses pengembangannya.  Perbaikan pelayanan dilakukan  secara komprehensif di internal Puskesmas maupun melalui pemberdayaan masyarakat di wilayah pelayanan Puskesmas melalui pendekatan multi pihak.
 
“ Yang direformasi adalah pola pikir, budaya kerja dan sistem menajemen sehingga bermuara pada terwujutnya pelayanan prima di puskesmas, ‘ demikian di tegaskan oleh Walikota Kupang dalam presentasinya. Walikota menyampaikan juga bahwa program reformasi puskesmas mendukung 3 misi RPJMD Kota Kupang 2013-2017 yaitu :

Misi 2 Mewujutkan Sumber Daya Manusia dan Masyarakat Kota Kupang yg Berkualitas
Dengan sasaran pada Peningkatan kualitas SDM yang memiliki tingkat pendidikan dan derajat kesehatan yang tinggi serta berbudaya 
 
Misi 3 Meningkatkan Mutu Pelayanan Publik & Penegakan Supremasi Hukum
Penyelenggaraan pemerintah yang baik & bersih sehingga mampu memberikan pelayanan prima kepada masyarakat disertai dgn penegakan supremasi hukum dan hak asasi manusia
 
Misi 5 Meningkatkan Kesejahteraan Sosial Masyarakat
Peningkatan kesejahteraan masyarakat yang memiliki kehidupan layak, terpenuhinya kebutuhan dasar dengan titik berat pada penanggulangan kemiskinan, penanganan penyandang masalah kesejahteraan sosial, pengarusutamaan gender, perlindungan anak serta mitigasi bencana.
 
Presentasi lengkap seperti tergambar di bawah ini :